（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）
第四十条 国又は地方公共団体に対し財産の贈与又は遺贈があつた場合には、所得税法第五十九条第一項第一号の規定の適用については、当該財産の贈与又は遺贈がなかつたものとみなす。公益社団法人、公益財団法人、特定一般法人（法人税法別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人で、同法第二条第九号の二イに掲げるものをいう。）その他の公益を目的とする事業（以下この項から第三項まで及び第五項において「公益目的事業」という。）を行う法人（外国法人に該当するものを除く。以下この条において「公益法人等」という。）に対する財産（国外にある土地その他の政令で定めるものを除く。以下この条において同じ。）の贈与又は遺贈（当該公益法人等を設立するためにする財産の提供を含む。以下この条において同じ。）で、当該贈与又は遺贈が教育又は科学の振興、文化の向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与すること、当該贈与又は遺贈に係る財産（当該財産につき第三十三条第一項に規定する収用等があつたことその他の政令で定める理由により当該財産の譲渡をした場合において、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した当該財産に代わるべき資産として政令で定めるものを取得したときは、当該資産（次項、第三項及び第十六項において「代替資産」という。））が、当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間（当該期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供することが困難である場合として政令で定める事情があるときは、政令で定める期間。次項において同じ。）内に、当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供され、又は供される見込みであることその他の政令で定める要件を満たすものとして国税庁長官の承認を受けたものについても、また同様とする。
２ 国税庁長官は、前項後段の規定の適用を受けて贈与又は遺贈があつた場合において、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）が当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間内に当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供されなかつたときその他の当該財産等が当該公益法人等の当該公益目的事業の用に直接供される前に政令で定める事実が生じたとき（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）は、前項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、その承認が取り消された時において、政令で定めるところにより、同項に規定する贈与又は遺贈があつたものとみなす。
３ 国税庁長官は、第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈を受けた公益法人等が、当該贈与又は遺贈のあつた後、当該贈与又は遺贈に係る財産又は代替資産（以下この項において「財産等」という。）をその公益目的事業の用に直接供しなくなつた場合その他当該贈与又は遺贈につき政令で定める事実（前項に規定する事実を除く。）が生じた場合（当該公益法人等が当該財産等（当該財産等の譲渡をした場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する額の金銭）を国又は地方公共団体に贈与した場合その他政令で定める場合を除く。）には、第一項後段の承認を取り消すことができる。この場合には、当該公益法人等を当該贈与又は遺贈を行つた個人とみなして、政令で定めるところにより、これに当該財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額に係る所得税を課する。
４ 前項後段の規定の適用を受けた公益法人等に対する法人税法の規定の適用については、同法第三十八条第二項中「次に掲げるもの」とあるのは、「次に掲げるもの及び租税特別措置法第四十条第三項後段（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の規定による所得税（当該所得税に係る同項の財産の価額が当該財産の同条第一項に規定する贈与又は遺贈を受けた同項に規定する公益法人等の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入された場合における当該所得税を除く。）」とする。
５ 第三項の代替資産には、同項の公益法人等が、同項の贈与又は遺贈を受けた財産（当該公益法人等の公益目的事業の用に二年以上直接供しているものに限る。）の譲渡をし、その譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて資産（当該財産に係る公益目的事業の用に直接供することができる当該財産と同種の資産（財務省令で定めるものを含む。）、土地及び土地の上に存する権利に限る。以下この項及び第十六項において「買換資産」という。）を取得した場合において、その譲渡の日の前日までに、当該譲渡の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときにおける当該買換資産を含むものとする。この場合において、当該公益法人等は、当該買換資産を、当該譲渡の日の翌日から一年を経過する日までの期間（当該期間内に当該公益目的事業の用に直接供することが困難である場合として政令で定める事情があるときは、政令で定める期間）内に、当該公益目的事業の用に直接供しなければならない。
６ 第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈（以下この条において「特定贈与等」という。）を受けた公益法人等が、合併により当該公益法人等に係る第三項に規定する財産等を合併後存続する法人又は合併により設立する法人（公益法人等に該当するものに限る。以下この項において「公益合併法人」という。）に移転しようとする場合において、当該合併の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該合併の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該合併の日以後は、当該公益合併法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該公益合併法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。
７ 特定贈与等を受けた公益法人等が、解散（合併による解散を除く。）による残余財産の分配又は引渡しにより当該公益法人等に係る第三項に規定する財産等を他の公益法人等（以下この項において「解散引継法人」という。）に移転しようとする場合において、当該解散の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該解散の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該解散の日以後は、当該解散引継法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該解散引継法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。
８ 特定贈与等を受けた公益法人等で公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成十八年法律第四十九号。以下この項及び第十四項において「公益認定法」という。）第二十九条第一項又は第二項の規定による公益認定法第五条に規定する公益認定の取消しの処分（当該取消しの処分に係る事由により第一項後段の承認を取り消すことができる場合の当該処分を除く。以下この項において「特定処分」という。）を受けたもの（当該特定処分後において、第一項に規定する特定一般法人に該当するものに限る。以下この項において「当初法人」という。）が、同条第十七号に規定する定款の定めに従い、その有する公益認定法第三十条第二項に規定する公益目的取得財産残額に相当する額の財産（以下この項において「引継財産」という。）を他の公益法人等（以下この項において「引継法人」という。）に贈与しようとする場合において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該引継法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該引継法人が当該贈与を受けた公益引継資産（当該引継財産のうち、当該特定処分を受けた公益法人等に係る第三項に規定する財産等に相当するものとして政令で定める部分をいう。）は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。この場合において、当該贈与の日以後は、当該当初法人については、第三項の規定は、適用しない。
９ 特定贈与等を受けた第一項に規定する特定一般法人が、第三項に規定する財産等を他の公益法人等（以下この項において「受贈公益法人等」という。）に贈与しようとする場合（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十八年法律第五十号）第百十九条第二項第一号ロに掲げる寄附に該当する場合に限る。）において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該受贈公益法人等は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該受贈公益法人等が当該贈与を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。
１０ 特定贈与等を受けた公益法人等（幼稚園（就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律（平成十八年法律第七十七号）第二条第二項に規定する幼稚園をいう。以下この項において同じ。）又は保育所等（同条第五項に規定する保育所等をいう。以下この項において同じ。）を設置する者で政令で定める要件を満たすものに限る。以下この項において「譲渡法人」という。）が、当該譲渡法人に係る第三項に規定する財産等（当該幼稚園又は保育所等に係る事業の用に直接供されているものに限る。）を他の公益法人等（同条第七項に規定する幼保連携型認定こども園、幼稚園又は保育所等を設置しようとする者で政令で定める要件を満たすものに限る。以下この項において「譲受法人」という。）に贈与をしようとする場合において、当該贈与の日の前日までに、政令で定めるところにより、当該贈与の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、当該贈与の日以後は、当該譲受法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該譲受法人がその贈与を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。
１１ 第六項に規定する公益合併法人が、特定贈与等を受けた公益法人等から合併により資産の移転を受けた場合（当該公益法人等が当該移転につき同項に規定する書類を当該合併の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）において、当該公益合併法人が、政令で定めるところにより、当該資産が当該特定贈与等に係る第三項に規定する財産等であることを知つた日の翌日から二月を経過した日の前日までに、当該合併の日その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出したときは、第六項の規定にかかわらず、当該合併の日以後は、当該公益合併法人は当該特定贈与等に係る公益法人等と、当該公益合併法人がその移転を受けた資産は当該特定贈与等に係る財産と、それぞれみなして、この条の規定を適用する。
１２ 前項の規定は、第八項に規定する引継法人が同項に規定する当初法人から同項に規定する引継財産の贈与を受けた場合（当該当初法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）、第九項に規定する受贈公益法人等が同項に規定する特定一般法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合（当該特定一般法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）及び第十項に規定する譲受法人が同項に規定する譲渡法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合（当該譲渡法人が当該贈与につき同項に規定する書類を当該贈与の日の前日までに提出しなかつた場合に限る。）について準用する。この場合において、当該引継法人が当該当初法人から当該引継財産の贈与を受けた場合について準用するときは、前項中「資産は」とあるのは、「第八項に規定する公益引継資産は」と読み替えるものとする。
１３ 第五項後段の規定は第六項から第十一項（前項において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）までの規定を適用する場合について、第八項後段の規定は第九項の特定一般法人、第十項の譲渡法人並びに前項の規定を適用する場合における同項の当初法人、特定一般法人及び譲渡法人について、それぞれ準用する。この場合において、第十項の譲受法人又は前項の譲受法人について第十項又は第十一項の規定を適用する場合について準用する第五項後段中「当該公益目的事業の用」とあるのは、「当該公益目的事業の用（政令で定める事業の用に限る。）」と読み替えるものとする。
１４ 第九項に規定する特定一般法人が、公益認定法第四条の認定を受けた場合には、当該認定を受けた日から一月以内に、政令で定めるところにより、当該特定一般法人の名称、所在地及び行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律第二条第十五項に規定する法人番号その他の財務省令で定める事項を記載した書類を、納税地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならない。
１５ 国税庁長官は、第一項後段の承認をしたときは、その旨を当該承認を申請した者及び当該申請に係る公益法人等に対し、当該承認をしないことを決定したとき又は当該承認を第二項の規定により取り消したときは、その旨を当該承認を申請した者又は当該承認を受けていた者に対し、当該承認を第三項の規定により取り消したときは、その旨を当該承認に係る公益法人等に対し、それぞれ通知しなければならない。
１６ 個人から贈与又は遺贈を受けた資産（当該資産に係る代替資産又は買換資産に該当するものを含む。以下この項において「受贈資産」という。）を有する公益法人等が当該受贈資産の移転につき第五項から第十項までの規定の適用を受けようとする場合には、当該公益法人等は、政令で定めるところにより、国税庁長官に対し、当該受贈資産が当該公益法人等に係る特定贈与等に係る第三項に規定する財産等であることの確認を求めることができる。この場合において、当該公益法人等が当該受贈資産のうち平成二十年十二月一日以後の贈与又は遺贈に係るものについてその確認を求めることができるのは、その確認を求めることにつき災害その他やむを得ない理由がある場合に限るものとする。
１７ 国税庁長官は、前項の規定により確認を求められたときは、当該確認に係る公益法人等に対し、速やかに回答しなければならない。
１８ 第一項後段の承認につき、その承認をしないことの決定若しくは第二項の取消しがあつた場合（当該取消しがあつた場合には、政令で定める場合に限る。）における当該承認を申請した者若しくは当該承認を受けていた者の納付すべき所得税の額で当該処分に係る財産の贈与若しくは遺贈に係るものとして政令で定めるところにより計算した金額又は第三項の取消しがあつた場合（政令で定める場合に限る。）における当該承認に係る公益法人等の納付すべき所得税の額についての国税通則法第六十条第二項の規定の適用については、同項本文に規定する期間は、同項の規定にかかわらず、当該決定又は取消しの通知をした日の翌日から当該金額を完納する日までの期間とする。
１９ 第一項の規定の適用を受ける財産の贈与又は遺贈について所得税法第七十八条第一項の規定又は第四十一条の十八の二若しくは第四十一条の十八の三の規定の適用がある場合におけるこれらの規定の適用については、同法第七十八条第二項中「寄附金（学校の入学に関してするものを除く。）」とあるのは「寄附金（租税特別措置法第四十条第一項（国等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税）の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する財産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分及び学校の入学に関してするものを除く。）」と、第四十一条の十八の二第一項中「その寄附をした者」とあるのは「第四十条第一項の規定の適用を受けるもののうち同項に規定する財産の贈与又は遺贈に係る山林所得の金額若しくは譲渡所得の金額で所得税法第三十二条第三項に規定する山林所得の特別控除額若しくは同法第三十三条第三項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除しないで計算した金額又は雑所得の金額に相当する部分及びその寄附をした者」と、「所得税法」とあるのは「同法」とする。
２０ 第十八項に定めるもののほか、第一項後段の承認の手続、第二項後段の規定によりあつたものとみなされる贈与又は遺贈に係る所得税法第七十八条の規定の特例、第三項後段の規定により贈与又は遺贈を行つた個人とみなされる公益法人等に対する所得税に関する法令の規定の適用に関する特例、当該公益法人等（合併又は解散（合併による解散を除く。）をするものに限る。）に対する所得税の納税義務の成立時期に関する特例その他第一項から第十七項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
